Мафія в Японії називається якудза і це дуже серйозна злочинна організація, що діє поза законом за своїми правилами. Якщо їй щось потрібно, вона забирає, не зважаючи на життя і потреби тих, хто стоїть на їхньому шляху. Гра Samurai vs Yakuza познайомить вас із самураєм, який хоче врятувати своє село. Вона сподобалася бандитам через давній храм, який знаходиться на її території. У цьому храмі є кілька цінних статуеток, які захотів отримати у власність глава якудзи. Наш герой став на шляху цілої мафіозної армії і з вашою допомогою буде відбивати напад розбійників у чорних шатах у Samurai vs Yakuza.