Дія гри Alien Quarantine відбувається на території секретної лабораторії, де проводять експерименти над взятими в полон інопланетними істотами. Одному з прибульців вдалося вирватися на волю, він звільнив решту і в лабораторії почався справжній хаос. Герой гри Alien Quarantine спрямований на розвідку, але зіткнувся із небезпечним супротивником. Йому потрібно відновити систему безпеки, щоб монстри не прорвалися до інших секторів. Для цього необхідно активувати кілька пристроїв, рухаючись та відстрілюючись, ухиляючись від атак прибульців.
