Величезна армія Ніндроідов повстала і почала захоплення планету. Відважні герої гри "Ніндзя Го: Повстання Ніндроідов" намагаються зупинити повстання, а для цього їм потрібно дістатися до бази ворога і знищити ватажка. Попереду довгий шлях ви зможете зіграти за кожного ніндзя, який є в грі. У різних ситуаціях необхідні різні персонажі. Зміна героїв відбувається прямо в грі в спеціальному порталі. Якщо потрібно розбити перешкоду, викликайте потужного ніндзя з сокирою, він порубати на шматочки всіх. Збирайте по шляху аптечки, а краще намагайтеся не потрапляти ворогам.