Морские путешествие иногда заканчиваются неожиданно, трудно предсказать, как поведёт себя океан. Наш герой в игре The Mysterious Island 49 отправился в плавание, когда в небе светило солнышко и стояла прекрасная погода. Они плыл довольно долго, наслаждаясь морским бризом, но неожиданно небо закрыли чёрные тучи и подул сильный ветер. Высокие волны перевернули судно и путешественник оказался в воде, предоставленный воле волн. Его кидало всю ночь, а на утро прибило к неизвестному острову. Бедняга вышел на сушу, шатаясь от усталости, но времени на отдых нет. Нужно исследовать остров, найти еду, а главное — способ, как отсюда выбраться.