В історії Secret Lagoon ви познайомитеся з Полом. Він - моряк в третьому поколінні і часто подорожує на своєму невеликому судні під вітрилами. Герой обожнює досліджувати нові місця, вирушаючи в далекі подорожі. На цей раз йому казково пощастило, він відшукати лагуну, яка не відзначена на жодній карті. Це здалося дивним, адже білих плям практично не залишилося, все острів відзначені і досліджені, а цю лагуну чомусь пропустили. Капітан збирається кинути якір і детально обстежити місце. Йому хоче по знайденим предметів визначити, хто тут був до нього і чому зараз туту безлюдно.
