У піксельному світі розпочалася війна між двома сусідніми державами. Ви в грі Pixel Gunner приєднаєтеся до цього протистояння і допоможете своєму героєві вижити і знищити якомога більше супротивників. Перед вами на екрані буде видно ваш персонаж, який зі зброєю в руках перебуватиме у певній місцевості. У ній же будуть і його противники. Ви повинні будете підвести героя на певну дистанцію до них і потім зловивши ворога в приціл відкрити вогонь. Влучно стріляючи ви знищуватимете противників і отримувати за це в грі Pixel Gunner певну кількість очок.
