Хлопець на ім'я Том працює у хімічній лабораторії. Сьогодні йому потрібно буде провести низку дослідів, і ви в грі Chem Stack Puzzle допоможете йому в цьому. Перед вами на екрані буде видно ігрове поле, в центрі якого буде видно порожню колбу. Умовно її буде поділено на кілька секцій. Над колбою у верхній частині екрану буде видно панель, на якій будуть знаходитися плитки з цифрами. Кожна плитка з числом позначає якийсь хімічний елемент. Справа з'явиться ваше завдання. У вигляді картинки вам покажуть якесь хімічне з'єднання вам потрібно буде отримати. Ви повинні все уважно оглянути. Тепер заповніть колбу плитками з числами в такій самій послідовності як на малюнку. Як тільки ви це зробите вам у грі Chem Stack Puzzle дадуть очки, і ви перейдете на наступний рівень гри.