Мандруючи Галактикою дослідник на ім'я Том постійно зустрічає різні стародавні артефакти. Щоб ваш герой зміг дістатися до них йому потрібно вирішити різні головоломки. Ви у грі Puzzle Galaxies допомагатимете йому в цьому. Перед вами на екрані буде видно конструкцію, яка складається з кубиків. Кожен з них буде розбитий усередині рівної кількості квадратних зон. У кожній зоні ви бачитимете кульку певного кольору. За допомогою клавіш управління ви обертатимете в просторі кубики навколо своєї осі. Ваше завдання виставити дані предмети так, щоб усі кульки розташувалися у певній послідовності. Як тільки ви це зробите вам у грі Puzzle Galaxies дадуть певну кількість очок, і ви перейдете на наступний рівень гри.