В одному невеликому японському містечку з'явилися війни ніндзя. Їх надіслали що б вони вбили всіх дворян які управляли містом. Ми з вами в якості стражника містечка повинні всіх їх знайти і знищити. Цим ми і займемося в грі Ninja Tap. Перед нами на екрані буде видно площа міста За нею будуть гуляти прості городяни. Їх вам категорично заборонено чіпати. Якщо хоч один з них загине, то ви програєте раунд. Уважно дивіться на екран і шукайте ниндзей. Як тільки ви побачите хоч одного швидко клацніть по ньому. Таким чином ви будете їх вбивати. Так само на екрані будуть з'являтися золоті монетки. За ним вам теж потрібно клацати. Вони дадуть вам окуляри і бонуси.